Происхождение мейн-кунов достоверно определить нельзя. Ранняя история породы окутана тайной. Скорее всего, эти кошки попали на Американский континент с первыми кораблями из Европы. Были ли эти кошки первых переселенцев или потомки спасшихся после кораблекрушений и одичавших крысоловов, неизвестно. Ясно только одно - история мейн-кунов тесно переплетается с историей освоения Америки.
К концу XIX века эта порода уже активно участвовала в американских выставках кошек и имела название "енотовидный кот из штата Мейн".А в 1895 году в Нью-Йорке порода даже получила титул лучшей на выставке. Однако вскоре после этого интерес к мейн-кунам стал угасать, и в середине XX века порода считалась утерянной. Но в 1953 году в Бостоне благодаря энтузиастам создается клуб любителей этих кошек, члены которого по крупицам собирают данные о породе и начинают проводить регулярные выставки.
Нынешний мейн-кун давно "перешагнул" пределы штата Мэн (Мейн), давшего ему название. Сейчас эту породу разводят на территории Соединенных Штатов и во многих европейских штатах.